Theo Thông tư 219/2013/TT-BTC doanh nghiệp được áp dụng phương pháp khấu trừ thuế là cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hoá đơn, chứng từ bao gồm:
a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ từ một tỷ đồng trở lên và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hoá đơn, chứng từ, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp
b) Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp, cụ thể theo Thông tư 119/2014/TT-BTC bao gồm:
+ Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới một tỷ đồng đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hoá đơn, chứng từ.
+ Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.Doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện đầu tư theo dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt thuộc trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt thuộc đối tượng đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
+ Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm, nhận góp vốn bằng tài sản cố định, máy móc, thiết bị, công cụ, dụng cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh. (bỏ quy định về đầu tư, mua sắm tài sản cố định, máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên trong thông tư 219/2013/TT-BTC)
+ Tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam theo hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ.
+ Tổ chức kinh tế khác hạch toán được thuế GTGT đầu vào, đầu ra không bao gồm doanh nghiệp, hợp tác xã.
Cơ sở kinh doanh trên phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là ngày 20 tháng 12 hàng năm . Khi gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế trực tiếp, cơ sở kinh doanh không phải gửi các hồ sơ, tài liệu chứng minh như dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt, phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt, hóa đơn đầu tư, mua sắm, hồ sơ nhận góp vốn, hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh. Cơ sở kinh doanh lưu giữ và xuất trình cho cơ quan thuế khi có yêu cầu.
c) Tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu, khí nộp thuế theo phương pháp khấu trừ do bên Việt Nam kê khai khấu trừ nộp thay
Các cơ sở kinh doanh không thỏa mãn các điều kiện nêu trên thực hiện kê khai và nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp.
